#| code-fold: truedata_RH_csv_Example <-load_team_table(filter_id =TRUE, date_cols =c(6,7), filepath_or_url ="./data/Data_RH_Example.csv")# afin de ne garder que les lignes avec un idhal correctdata_RH_csv_Example <- data_RH_csv_Example[which(!is.na(data_RH_csv_Example$idhal)),]data_RH_csv_Example <-as_tibble(data_RH_csv_Example)data_RH_csv_Example
# A tibble: 3 × 13
civilite nom prenom statut rattachement debut_contrat fin_contrat
<chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
1 M. ADJAKOSSA Éric CEC AgroParisTech "" ""
2 Mme AUBERT Julie IR INRAE "" ""
3 M. BARBILLON Pierre PR AgroParisTech "" ""
# ℹ 6 more variables: financement <chr>, equipe <chr>, unite <chr>,
# orcid <chr>, idhal <dbl>, adresse_mail <chr>
Code
#| code-fold: truedate_min ="01/01/2022"date_max ="01/01/2023"# Publications à partir d'un id de laboratoire.HAL_publis_Labo <- managHAL::HAL_extract_csv(id =1002311, date_min,date_max, type_id ="struct_id", add_output =c("structAcronym_s","structId_i", "structHasAlphaAuthIdHalPersonid_fs"))HAL_publis_Labo <-as_tibble(HAL_publis_Labo)HAL_publis_Labo[1,]
# Création d'un réseau unipartiteset.seed(42) # Pour la reproductibilité unipartite <-erdos.renyi.game(10, 0.3)unipartite_graph <-plot(unipartite, main ="Réseau Unipartite")
Code
# Création d'un réseau bipartite Noms des nœudsnodes_A <-c("A1", "A2", "A3")nodes_B <-c("B1", "B2", "B3", "B4")# Liste des arêtesedges <-c("A1", "B1", "A1", "B2", "A2", "B1", "A2","B2", "A2", "B3", "A3", "B2", "A3", "B4")# Création du graphebipartite <-graph(edges, directed =FALSE)V(bipartite)$type <-bipartite_mapping(bipartite)$typeplot(bipartite, layout = layout_as_bipartite, vertex.color =c("skyblue","salmon")[V(bipartite)$type +1], vertex.label.color ="black",vertex.shape ="circle", vertex.size =30, edge.width =2,main ="Réseau Bipartite")
A : Exemple de Réseau trophique (réseau d’interactions des espèces chiliennes), Crédit : (Kéfi et al. 2016)
B : RAD51 et son réseau d’interactions de sa famille de gènes, Crédits : (Li et al., 2021)
Ajout de fonctionnalités à {managHAL}
construction d’un réseau de co-auteur et SBM
Réseau complet de co-auteurs de l’unité MIA - PS
Réseau complet de co-auteurs de l’unité MIA - PS coloré par appartenance aux groupes
Ajout de fonctionnalités à {managHAL}
Création de sous-groupe
Réseau partiel de co-auteurs de l’unité MIA - PS
Réseau partiel de co-auteurs de l’unité MIA - PS coloré par appartenance aux groupes
Cas d’usage
Voir Cas_d_usage_managHAL.R
L’unité MIA - Paris-Saclay 1
Code
#| code-fold: true#| date_min ="01/01/2022"date_max ="01/01/2023"mia_table <- managHAL:::load_team_table(filter_id =FALSE, date_cols =c(7, 8), "./data/Data_RH_Example.csv")cleaned_mia <- mia_table %>% dplyr::filter(!is.na(idhal) &as.numeric(idhal)==idhal) %>%# on retire les faux idHal et les NA# puis filtre sur les dates dplyr::mutate(debut_periode = managHAL:::borne_date(debut_contrat, date_min,"max"),fin_periode = managHAL:::borne_date(fin_contrat, date_max,"min"))
civilite
nom
prenom
statut
rattachement
debut_contrat
M.
ADJAKOSSA
Éric
CEC
AgroParisTech
Mme
ALBERT
Isabelle
CR
INRAE
M.
ALLYNDREE
Joseph
Doctorat
AgroParisTech
Mme
ALVAREZ
Isabelle
IPEF
INRAE
M.
ANAKOK
Emré
Doctorat
INRAE
06/10/2021
Mme
AUBERT
Julie
IR
INRAE
L’unité MIA - Paris-Saclay 2
Code
managHAL::HAL_build_report()
L’unité MIA - Paris-Saclay 3
Questions
Contexte :
Dans les données récupérées, il existe pour un même nom plusieurs formes nominales (une en toute lettre, et une avec les initiales) . Toutes ces formes ne sont pas toujours associées à un identifiant. Lorsque je nettoie mes données, je souhaite donc rajouter un identifiant à une forme nominale sans identifiant s’il en existe un pour une autre forme nominale.
Problème :
Il arrive qu’il existe deux identifiants pour une même forme nominale (avec les initiales).
Exemple :
Première forme nominale : Julie Aubert ; Deuxième forme nominale : J. Aubert
Identifiant : 15356 ; Identifiant : 15356 ou NA
Première forme nominale : Juliette Aubert ; Deuxième forme nominale : J. Aubert
Identifiant : 180399 ; Identifiant : NA
Première forme nominale : Jule Aubert ; Deuxième forme nominale : J. Aubert
Identifiant : 20987 ; Identifiant : 20987
Perspectives et avenir du package
Optimisation des fonctions de préparation des données
Création et optimisation des fonctions permettant la création d’un réseau à partir des données
Création et optimisation des fonctions permettant la création d’un modèle à partir du réseau obtenu